Рассматриваются теоретико-методологические проблемы разработки инновационных стратегий развития отраслей, хозяйственных комплексов и кластеров на примере Камчатского рыбохозяйственного комплекса. Изложена методология разработки инновационных стратегий их развития на основе системного подхода. Описана разработка стратегии развития крупного хозяйственного комплекса на примере РХК Камчатского края.