В современных экономических условиях, для которых характерины ограниченность финансовых ресурсов у субъектов экономики и дефицитность бюджетной системы, происходит сокращение объемов финансирования государственных программ, в т.ч. сферы здравоохранения. В этой связи вопросы совершенствования механизма управления социальными расходами в отрасли здравоохранения представляет особую практическую значимость. В предлагаемой статье дается оценка современного механизма финансирования отрасли здравоохранения, рассмотрены особенности разграничения расходных полномочий в данной сфере, на основе чего обоснованы теоретико-прикладные аспекты совершенствования финансового механизма системы здравоохранения.